Родился 16 июня 1983 года. В 16 лет уехал в Лос-Анджелес. В 2002 году поступил в  Калифорнийский Университет в Нортридже, где закончил Факультет Кинопроизводства. Параллельно учился 2 года в актёрской студии Sal Dano Professional Actors Workshop. 

В 2004 году вернулся в Москву, работал на «Первом канале». 

В 2005 году снял короткометражную ленту «Белая ночь», а в 2006 - «Ночной экспресс». Обе короткометражки участвовали в различных международных фестивалях. Осенью 2009 года в прокат вышел первый полнометражный фильм Клима Шипенко «Непрощенные», который участвовал в 2009 году на «Кинотавре» и в российской программе «31 ММКФ». В 2009 году получил приз «За дерзкий дебют на кинофестивале «Амурская осень». 

С августа 2009 года Клим Шипенко становится художественным руководителем компании «ВайТ Шип Филмз» (WeiT Ship Films), входящую в ГК «ВайТ Медиа» (WeiT Media).