За свою карьеру документалиста Падилья снял и спродюсировал три фильма. Снятый в 2002 году АВТОБУС 174 открыл кинофестиваль в Сандэнсе и получил несколько важных наград, включая «лучший документальный фильм» на кинофестивалях в Рио, Сан-Пауло, Майами и Гаване, премию Пибоди за вклад в развитие журналистики и премию «Эмми» за исключительные достижения в журналистике и сохранении культурного наследия. За АВТОБУС 174 Падилья был номинирован на премию Гильдии кинорежиссеров в номинации «лучший режиссер» и на премию Чарльза Е. Гуггенхейма в номинации «лучший новичок».

Падилья также снял фильм ГАРАПА, который открыл Берлинский кинофестиваль в 2008 году. Картина получила второй приз в номинации документального кино на Международном кинофестивале в Гаване в 2006-м и премию Дирка Вандерсейпена в 2009 году. Фильм ТАЙНЫ ПЛЕМЕНИ открыл кинофестиваль в Сандэнсе в 2010 году и получил премию братьев Мэйслесов в номинации «лучший документальный фильм» в том же году.

Падилья также выступал и продюсером документальных картин. Он спродюсировал фильм Маркуса Прадо ЭСТАМИРА, который получил премию «лучший документальный фильм» на кинофестивалях в Рио-де-Жанейро, Сан-Пауло и Карловых Варах, гран-при Международного фестиваля документального кино в Марселе, а также много других значимых наград. Фильм Найджела Ноубла ДРЕВЕСНЫЙ УГОЛЬ открыл кинофестиваль в Сандэнсе в 1999 году и получил две премии Amnesty International award.

Падилья пробовал свои силы и в игровом кинематографе, написав сценарии, сняв и спродюсировав две картины. За фильм ЭЛИТНЫЙ ОТРЯД он получил несколько международных премий, включая «Золотого медведя» в Берлине и премию Бразильской киноакадемии в номинации «лучший режиссер». На текущий момент картина считается одной из самых популярных в истории бразильского кинематографа. Только в 2010 году было продано более 11 миллионов билетов. После того, как его картина "Элитный отряд" получила берлинского "Золотого медведя" в 2008 году, Падилья был назван одним из 10 режиссеров, чьи фильмы обязательны к просмотру, по версии жунала Variety.

Сиквел ЭЛИТНЫЙ ОТРЯД: ВРАГ ВНУТРИ вышел в прокат в Бразилии в октябре 2010 года. Картина получила премии Бразильской киноакадемии в номинациях «лучший сценарий», «лучший режиссер» и «лучший фильм года». Картина также показывает беспрецедентные кинотеатральные сборы, побивая рекорды АВАТАРА и ТИТАНИКА, когда те прокатывались в Бразилии.